恩施土家族苗族自治州国土资源局内设11个机构，各机构职能如下：
办公室：
负责组织协调政务工作，包括文电、会务等日常运转。
管理国土资源有偿使用资金，执行财政拨付的专项收入征管。
监督部门预算、国库集中支付和内部审计工作。
承担局机关财务及资产管理职责。
规划与调控监测科：
编制土地利用、矿产资源、地质环境等各类规划。
管理土地利用年度计划，承担建设项目用地预审和用地规划审查。
进行国土资源形势分析与调控监测，综合统计全州国土资源管理数据。
耕地保护科：
负责耕地保护责任目标考核和基本农田保护。
监督占用耕地补偿制度落实情况，参与跨县土地权属纠纷调处。
审查和监督建设用地涉及的占补平衡措施。
地籍管理科：
负责土地登记、土地调查、统计和权属争议调处的组织管理。
建设、更新和维护地籍信息系统，处理土地权属纠纷。
负责老机场土地登记发证工作。
征地利用科：
管理城乡建设用地和土地市场，规范土地使用权出让、租赁等行为。
监督土地供应、土地价格等政策落实。
审查农用地转用、土地征收征用，制定征地补偿标准及安置方案。
矿产管理科：
负责矿产资源的保护和开发利用管理，包括矿权申报、审批等工作。
编制重要矿区矿业权设置方案，管理矿业权市场。
处理重大矿权权属纠纷或跨区域采矿争议，编制矿产资源年报。
地质环境科：
编制地质灾害防治规划，承担地质灾害防治、地质遗迹保护工作。
组织地质灾害应急调查、重大地质灾害勘查治理。
指导、监督全州地质灾害监测预警，管理地质环境、地质勘查和评价工作。
法规监察科：
审查国土资源管理规范性文件和政策建议的合法性。
组织国土资源法律法规的宣传教育及普法工作。
接待、调查、督办人民群众来信来访，依法查处土地、矿产违法行为。
地震科：
编制全州防震减灾规划，承担防震减灾行政执法职责。
组织地震监测预报、灾害防御和应急工作。
负责地震行业标准的实施，重大工程地震安全性评价工作。
信息管理科：
编制国土资源信息化发展规划及实施方案。
汇总和管理各类国土资源基础数据和信息。
负责政务信息网上公开和社会化服务，指导县市局信息化工作。
人事科：
负责局机关及所属单位的人事、机构编制管理。
承担管理全州县市国土资源部门领导干部的有关工作。
负责局机关离退休干部工作，指导所属单位离退休干部工作，以及党群工作。
