根据上述职责，甘肃省国土资源厅设15个内设机构：
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、政务公开等工作。
（二）政策法规处。
组织起草国土资源管理的地方性法规及规章草案；承担厅机关有关规范性文件的合法性审核工作；组织有关法律法规的宣传教育；承担行政复议、行政应诉的有关工作；负责法定职权范围内的国土资源法规、规章的解释及清理、汇编工作。
（三）调控与科技处。
开展国土资源经济形势分析，研究提出全省国土资源供需总量平衡的政策建议，参与国家宏观经济运行及相关改革研究；组织国土资源重大课题调研。编制和实施全省国土资源科技发展规划；组织实施基础性、公益性行业科研专项年度计划；承担国土资源科技成果、科技奖励和科技人才培养工作；指导国土资源科技成果推广及科学技术普及工作。
（四）规划处。
组织编制全省土地利用、矿产资源等综合规划，组织编制全省资源调查评价、勘查、开发、整理、复垦等专项规划；研究提出全省土地利用计划并承办计划指标的上报和分解下达工作；依法指导和审核国土资源相关规划，审查市州、县区（市）、乡镇土地利用及矿产资源总体规划；组织建设项目用地预审工作；负责国土资源综合统计工作。
（五）财务资产管理处。
贯彻执行国家有关财务、资产管理的政策、法规和制度；承担国家、省财政拨付的各类资金的财务管理和国有资产管理；按规定对各项非税收入（含矿产资源补偿费）的收缴和使用进行管理和监督。
（六）审计处。
组织对市州国土资源局主要负责人和厅直属事业单位负责人任期经济责任进行审计；对厅组织实施的国家级和省级国土资源项目及厅承担的基建工程等项目进行内部审计监督；对厅机关及厅直属事业单位的财政、财务收支及其有关的经济活动进行审计监督；对厅机关及所直属事业单位内部控制制度的健全性和有效性及风险管理进行审计评价。
（七）耕地保护处。
负责拟订和贯彻实施耕地保护政策；会同农业部门组织实施基本农田保护工作；承担耕地保护责任目标考核有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；负责土地整理、复垦、开发工作。
（八）建设用地管理处。
拟订并组织实施农用地转用、土地征收有关制度和规定；承办报国务院和省政府批准的用地事项的审核报批工作；协调大中型建设项目征地事宜；监督检查农用地转用、土地征收及征地补偿和安置落实情况。
（九）地籍管理处。
拟订并组织实施地籍管理、土地调查、动态监测、地籍调查和统计的有关规定；组织全省土地资源调查、地籍调查和权属纠纷调处及权属管理工作；审核土地登记机构资格；指导管理地籍信息系统的建立与维护。承担或参与调处重大土地权属纠纷。
（十）土地利用管理处。
拟订并实施土地供应、土地价格、土地资产和土地收购储备管理政策；负责城乡土地市场管理工作；组织实施土地节约集约评价工作；审核建设项目用地定额指标；组织实施基准地价等地价制度；负责土地评估机构管理和土地估价结果备案。
（十一）地质勘查处。
组织全省矿产资源调查评价；编制地质矿产勘查规划并监督检查执行情况；管理省级各类地质勘查项目及地质勘查专项工作，实施地质勘查行业管理及勘查资质管理，组织拟订地质矿产勘查技术标准、规程、规范；协助国土资源部对石油、天然气、煤层气勘查开采的相关管理工作。
（十二）矿产开发管理处。
拟订与矿产资源开发管理法规配套的有关规定、规范、制度并组织实施；组织编制全省矿业权设置方案，并负责管理工作；依法受理矿业权申请，颁发许可证；对国家规划矿区和国家实行保护性开采的特定矿种实施监督管理；依法收缴探矿权、采矿权价款及探矿权、采矿权使用费。
（十三）矿产资源储量处。
组织实施矿产资源储量管理办法、标准、规程、规范；承担矿产资源储量登记、统计和压覆矿产资源管理工作；负责矿产资源储量评审和矿业权评估管理工作；组织实施矿山储量动态监督管理；负责矿产资源补偿费征收检查监督和指导；负责地质资料汇交和管理工作；参与矿山建设项目可行性研究和初步设计的审查；组织省内矿产资源形势分析和战略研究。
（十四）地质环境处。
负责全省地质环境的管理，组织拟订和实施矿山地质环境保护、地质遗迹保护和地质灾害防治规划及管理办法并对执行情况进行监督管理；负责地质灾害危险性评估和地质灾害防治工程单位的资质管理；组织指导地下水动态监测及预报；组织认定、保护具有重要价值的地质遗迹。
（十五）人事处。
承办厅机关和直属事业单位的机构编制和人事管理工作；承办市州国土资源局党政领导班子及处级干部的管理工作；负责归口管理的有关工作；负责全省国土资源系统职称评审和技术等级培训考核等工作；负责全省国土资源系统教育培训工作。
机关党委 负责厅机关和直属单位的党群工作。
根据查询相关资料显示：根据甘肃省国土资源厅下发的《矿产资源勘查区块登记管理办法》（国务院令第240号）及《国土资源部关于进一步规范矿产资源勘查审批登记管理的通知》（国土资规〔2017〕14号）第二十一条相关规定，对探矿权逾期不办理勘查许可证延续登记手续，勘查许可证自行废止，并在全国过期矿业权清理中被纳入自行废止名单，现依法予以公告，公告期：2022年1月10日—2022年2月9日。
